Die Smaragd-Edition erschien am 16. September 2004 in Japan und am 1. Mai 2005 in den USA. Inhaltlich entspricht diese den Editionen der Rubin-Edition und der Saphir-Edition, jedoch gibt es einige Neuerungen. Neben neuen Grafiken und Animationen sind neue Orte im Spiel enthalten. Darunter der große Themenpark Kampfzone. Auch ist das Spiel kompatibel mit dem Wireless-Adapter, der in der japanischen Version der Packung enthalten ist. Eine Verbindung zu Pokémon Colosseum ist ebenfalls möglich.
